有人說阿賴耶識有染有淨，所以有轉識成智之說。實際上阿賴耶識本體是清淨識，只是含藏了七識造作的染污業種，才使得阿賴耶識不垢不淨，如果阿賴耶識不收藏七識的染污業種，阿賴耶識就是清淨無垢識。阿賴耶識如果有染，就有煩惱染污業，可是阿賴耶識並不造作甚麼善業和惡業，是七識有煩惱染污，造作善惡業，所以七識煩惱時造作的惡業就是染污業。阿賴耶識就把七識造作的善惡業收藏起來，含有了染污業種。