意根和意識心的體性，一般人很難分清，尤其是關於兩個心的心所法，更難分清。因為意根的體性深細難知，心所法更是微細，沒有修到轉識成智的智慧程度，都很難現觀意根的運作，因此不會觀察心所法，就會對意根和意識的體性以及心所法有諸多誤會，混淆不清之處很多。

比如有人說意根沒有意願，意根也沒有想要得到什麼的任何心行，想要和意願都是意識心的欲心所，意根沒有欲心所，因此意根就沒有意願，沒有想要達到目的的心行。但是如果意根沒有自己的意願和想要達成某種目的的心行，那麼意根是根據什麼來作抉擇的呢？根據什麼來作主宰呢？萬法是如何由意根促成的？意根還是不是現起萬法的發動機？意根沒有意願和目的，六識依什麼去行動去造作？

這個欲心所的欲，在瑜伽師地論裡是說：於可樂事。隨彼彼行。欲有所作性。這是欲心所的特性，意思就是說，識心對於可樂的境界，喜歡的境界，就會隨順於自己的欲心，想要有所作為，希望擁有這樣的境界，以達到自己的目的，滿足自己的欲望。對於六塵境界，六識心是有希求、有願望、有貪欲、有欲求的，但是意根也有欲望有願望，發自內心的欲望和願望，能鼓動六識起欲心的，就是意根的欲望。因為意根有欲望有願望，就會促使意識也有同樣的願望，並且促使六識去實現自己的願望，作主識的願望往往容易實現，意識的願望要經過意根的同意，由意根作主去實現。

入地以後，意根斷除一部分煩惱，又降伏一些煩惱，轉化成一分或幾分的平等性智，意根雖然對六塵沒有貪愛等心行，也有清淨的意願、願望和願力。無論意根是有煩惱心所，還是無煩惱心所，意根確實有要達成的願望和意願。