意根一動念，牽動著整個大腦的神經中樞系統，不僅牽動後腦，也牽動前腦，然後向全身各處神經組織發佈信息和命令，全身各處就會出現細胞、血液、肌肉、氣息等等的一系列變化，就有各種各樣的情緒反應和生理反應。意根就是以控制大腦神經傳導系統來控制全身活動的，從而表達出自己的情緒，或者憤怒或者歡喜。所以要想身體健康，就要調整心態，改變意根的心行。這就要依靠意識正確而如理的思惟，如法的教導和指引，從而引導意根心胸豁達，明瞭更多的真理，智慧開通，不再鑽牛角尖，不再有煩惱情緒，身體就健康了。這是身心相倚，心境影響色身健康的原理。

比如意根減少對色身的執著和貪著，身體中氣脈運行就暢通無阻，身體發熱發暖，從而強身健體，色身康泰。一旦定力增強，意根不再執身，氣脈就會在全身暢通運行，運行到丹田時，身體自然發熱發暖。有時意念到丹田，氣脈就跟隨到丹田，心自然就安靜下來，思惟細密而深邃，身心調柔，氣場引力大，眾生就喜歡在身邊圍繞。

那麼意念到丹田的是哪個意？如果是指意識的意，意識卻不能單獨無緣無故到丹田，沒有意根的引導和控制，意識不能擅自出生和活動，意根的思心所不在丹田處現行，意根如果不作意丹田，意識不可能出生而念丹田處。那麼是誰能意念和先意念丹田的，一定是意根。其他方面的意念，也都是意根為先導，再引導意識的念，意識都是要緊緊的尾隨於意根的後面，離不開半步，所了知的一切法都是意根指定的，永遠不能脫離意根。但也不排除意識出生以後，有了想法和念頭，從而對意根有影響，於是意根才有了想法和念頭，才會讓意識繼續妄想和憶念。